Добрый день!
Если вы говорите про прошлые периоды, то возможно всё дело в не восстановленной последовательности. Например, для счета 60, документы по поступлению товаров и услуг вводились раньше, чем документы по списанию с р/с, а также не выполнялась процедура "Перепроведение документов за месяц" в обработке "Закрытие месяца". Если вы решите править прошлые периоды:
1) Сделайте копию информационной базы;
2) Последовательно проводите документы и анализируйте ОСВ по 60,62 счетам, ситуация должна меняться, авансы закрываться.
Если решите не трогать прошлые периоды, то можно по проблемным контрагентам (по которым не зачитываются авансы) создать новые договоры в справочнике "договоры", и все расчеты в текущем периоде (например 2018 год или начиная со 2го квартала) перевести на новые договоры, т.е. перевыбрать в каждом документе. После восстановить последовательность в обработке "Закрытие месяца", опять же в новом периоде авансы должны закрываться.