Нулевые отчеты необходимо подавать также как и заполненные, и это не только НДС и налог на прибыль - РСВ, 4-ФСС ежеквартально, налог на имущество, транспортный, среднесписочная, бухотчетность - ежегодно. При отсутствии отчетов налоговая блокирует расчетные счета на любые расходы. Возможно на вашем р/счете висит уже несколько блокировок, которые снимут только после того, как вы сдадите отчеты (не важно нулевые или с цифрами). По сданным отчетам с опозданием, налоговая начислит штраф - при нулевых минимальный, при заполненных рассчитанный. Совет, проверьте ограничения и блокировки на р/счетах организации, которая не ведет деятельность.