Добрый день! Ваша конфигурация Бухгалтерия предприятия ред. 3.0? Если да, то:
1) Транспортный налог. Транспортный и земельный налог попадают в КУДиР, когда они начислены,т.е. сделана регламентная операция "Расчет транспортного налога" (в декабре 2017 года) и произошла оплата налога по банку. Если начисление налога выполнено документом "Операция введенная вручную", то в КУДиР суммы автоматически не встанут, нужно будет или поправить платежку (вид операции "Прочее списание", тогда возможно править КУДиР из документа) или дополнительно ввести документ "Записи книги доходов и расходов УСН", об этом подробно в нашей статье:
учетбеззабот.рф/otchetnost/main/otchetno...summu-naloga-pri-usn
2) Страховые взносы. Налоги с заработной платы попадают в КУДиР при УСН 15%, когда они начислены, т.е. введены документы "Начисление зарплаты",а если зарплата ведется в другой программе (ЗУП 2.5 или ЗУП 3.1), то документ "Отражение зарплаты в бухучете", и оплачены, т.е. введён документ "Списание с расчетного счета", вид операции "Уплата налога" и верно выбран налог из справочника "Налоги и взносы". Проверьте есть ли у вас в базе документы по начислению страховых взносов.