Добрый день.Срочно нужна ваша помощь. У нас такая ситуация.В апреле 2016 мы продавали медицинское оборудование без НДС.Налоговая запросила документы,и мы обнаружили ошибку.У поставщика мы купили комплект медицинского оборудования с НДС,а реализовали без НДС.Звонили поставщику,уточняли точно ли этот комплект с НДС,нам ответили, что да. В покупателем у нас заключен контракт,и в спецификации указан этот комплект без НДС.Что в той ситуации делать?Помогите пожалуйста.

Здравствуйте.
В этой ситуации Вам придется начислить НДС и представить корректирующую налоговую декларацию.
С покупателем можно попытаться договориться. А именно направить ему дополнительное соглашение с увеличением суммы договора и выделением НДС. Если покупатель пойдет Вам навстречу и согласится подписать доп. соглашение, то предоставите ему корректирующий счет-фактуру. Покупатель доплатит Вам деньги.
Если откажется, то доначисленный НДС будет Вашим убытком.