У нас используется 1с Бухгалтерия государственного учреждения 1.0 (1.45.6)
в этой программе через блок
Расчеты -> документы по регистрации обязательств -> план-график финансирования обязательства
ведем учет начисления арендной платы земельных участков по срокам уплаты. с последующим отображением сумм в проводках.

Вопрос: как расчитать пеню за не своевременную уплату ?

Добрый день! Уточните пожалуйста, какими проводками вы это отражаете. И я правильно поняла, вы хотите, что бы сумму пени программа рассчитала автоматически?