Добрый день команда проекта "Учет без забот". ООО выполнило по договору работы для физлица, подписаны актом приема-передачи. Как произвести оплату физ.лицу за работу ООО?

Здравствуйте. Физ лицо - Ваш заказчик? ООО - исполнитель работы? Если так, то Вы можете принять наличные денежные средства. Но в этом случае Вы должны иметь кассовый аппарат. Либо бланки строгой отчетности, если по виду деятельность Вам разрешено их применять.
Второй вариант: физ лицо через банк (например Сбербанк) оплачивает на расчетный счет ООО. Но с него возьмут комиссию.