Здравствуйте ,подскажите пж сотруднице начислена за июнь з.плата и отпускные (с 03.07.по 02.08.-очредной отпуск) в июле начислений не было,в августе тоже начислений не было (с 3,08.по31.08 -отпуск за свой счет) ,у нее стандартный вычет 11800(за месяц). В сентябре мне программа ставит сотруднице вычет -35400,правильно ли это???

Здравствуйте!
Если при начислении отпускных вычет на июль не применялся, то все верно.
Если сомневаетесь в корректности предоставления вычетов и расчета налога, то после начисления зарплаты сформируйте справку 2-НДФЛ по данному сотруднику и проверьте общие суммы за год.