Доброе утро. У нас ситуация такая.Сотрудница находиться в декретном отпуске по уходу за ребенком.Мы ей платим пособие ежемесячно.Во время отпуска она открыла ИП и параллельно предоставляет нам услуги. ФНС вызывает ее для дачи пояснений. У нас ФНС ничего не запрашивала,никакие документы и никаких пояснений.Просто позванивала сотруднице на мобильный телефон.Что нам делать в этой ситуации.

Здравствуйте. Вы очень опрометчиво поступили в подобной ситуации.
По закону Вы можете продолжать выплачивать пособие до 1,5 лет сотруднице, которая открыла ИП. Но проблема в том, что этот же человек оказывает Вам услуги как ИП. Это схема ухода от зарплатных налогов, которая в свою очередь ставит под угрозу законность выплаты пособия до 1,5 лет.
Налоговый орган может в судебном порядке переквалифицировать договор с ИП в трудовой договор. Отсюда вытекает, что сотрудница выполняла свои трудовые обязанность. Значит Вы должны были прекратить выплату пособия до 1,5, начислять и уплачивать страховые взносы и НДФЛ.
Предполагаю, что в результате этой ситуации либо налоговый орган, либо ФСС может инициировать проверку у Вас.
ФНС может вызвать лицо для дачи пояснений не по телефону, а уведомлением или повесткой.

Доброе утро.Большое спасибо за ответ.Только я немного не поняла.Что нам в данной ситуации лучше сделать.Перестать платить пособие и отправить уточнение по страховым взносам,и оплатить НДФЛ?

В первую очередь, Вам нужно определиться со статусом сотрудницы. Либо она работает у Вас по трудовому договору, либо она оказывает Вам услуги как индивидуальный предприниматель. Одновременно в двух статусах нельзя.
Было бы правильнее прекратить выплачивать ей доходы как предпринимателю и продолжать выплачивать пособия до 1,5 лет. А после окончания отпуска по уходу за ребенком до 1,5 лет сотрудница либо выйдет на работу, либо уволится. Тогда можно заключить с ней договор на оказание услуг.
Предыдущие периоды я бы не рекомендовала затрагивать.

Я не поняла Вашу мысль... Перестать платить пособие и т.п.
С какого времени? На каком основании прекратить выплату пособия? Оформить выход на работу?