Здравствуйте, подскажите пожалуйста, отпуск с 1 по 29 число, в месяце 30 дней, выход на работу после отпуска 30, нужно ли за этот один отработанный день начислять зарплату.

Зарплата начисляется один раз в месяц, без аванса

Здравствуйте! Да, нужно. Зарплата начисляется пропорционально отработанному времени, например, если у сотрудника оклад за месяц 20 000 руб, в месяце 21 рабочий день, а отработан был только один день, то з/п вашего сотрудника составит отпускные + (20 000/21)*1=952,4 руб. Также рекомендую вам ознакомится с статьей:
учетбеззабот.рф/raschet-zarabotnoi-platy...dovatelnost-dejstvij , даже если ваша ред. ЗУП 3.0, общий порядок работы не изменится.