Добрый день!
Прошу консультации по следующему вопросу:
У нас довольно часто бывает импорт (Ситуация 1 описана ниже, обычно так работаем и вопросов не возникает), но сейчас у нас импорт по Ситуации 2, с которой я сталкиваюсь первый раз и поэтому мне не все понятно:

Ситуация 1: Наша компания напрямую заключает контракт с иностранным поставщиком, платим ему в валюте по контракту, платим пошлину и НДС на таможню. Пользуемся услугами сторонней компании из России по транспортировке и растаможке нашего груза и за эти услуги оплачиваем сторонней компании.
В 1С я это я отражаю следующим образом: На основании ГТД приходовала товар через документ Поступление товаров, на основании ГТД ввожу ГТД по импорту и ставлю таможенные платежи и НДС уплаченный на таможню (таможенные платежи (учитываю в стоимости товара) и таможенный НДС, предъявляю к вычету) и на основании акта оказания услуг за транспортировку и растаможку ввожу к документу Поступление товара документ Поступление дополнительных расходов.
В связи с тем, что мы являемся экспортерами, то у нас каждый квартал НДС в возмещению и мы подаем все подтверждающие документы в налоговую. По импорту обычно подаю следующий комплект документов - контракт, инвойс, ГТД, платежку на оплату таможенных платежей, платежку на оплату НДС на таможню, закрывающие документы с оплатой за услуги транспортировки и растаможки)

Ситуация 2: Сейчас закупаем тоже сырье у того же иностранного поставщика, но через посредника (компания из России) по агентскому договору. Агент заключает контакт от своего имени с иностранным поставщиком напрямую, оплачивает ему от своего имени, платит НДС и пошлины на таможню тоже от своего имени, сам ввозит и растамаживает этот груз и передает его нам по акту приема-передачи товарно-материальных ценностей вместе с отчетом агента и прилагает к нему все подтверждающие затраты документы, оформленные на него (контракт, инфойс, ГТД, платежи на таможню таможенной пошлины и НДС, комиссия на покупку валюты, расходы за перевозку и растаможку) и предоставляет нам акт оказания услуг за свои услуги по которым мы должны оплатить ему агентское вознаграждение.

Сейчас предоставил ГТД и контракт на сумму 13 254,00 $
Отчет агента на общую сумму 1 103 003,00 рублей, а именно:
1. стоимость товара в рублях по курсу ЦБ на день оплаты 825 767,00 рублей (перевел 13 254,00 $ по курсу на день оплаты)
2.таможенная пошлина 42 700,00 рублей
3. НДС уплаченный на таможне 161 477,00 рублей
4. Остальные услуги (транспортировка, комиссии банка, брокерские услуги) на общую сумму 73 059,00 рублей)

И еще акт на оказание услуг за свои услуги на сумму 30 000,00 рублей

Вопрос 1: Мне в 1С все это вводить также как и в ситуации 1:
1. Поступление товаров и услуг на сумму стоимости товара 825 767,00 рублей
2. ГТД по импорту, где учту таможенную пошлину и НДС на таможне (таможенные платежи (учитываю в стоимости товара) и таможенный НДС, предъявляю к вычету)
3. Поступление дополнительных расходов на все расходы по отчету (транспортировка, комиссии банка, брокерские услуги) на общую сумму 73 059,00 рублей)
4. Поступление дополнительных расходов на услуги агента на сумму 30 000,00 рублей

Вопрос 2: я же могу предъявить НДС уплаченный агентом на таможню к вычету у себя?

Вопрос 3: учитывая, что все-таки все документы оформлены на агента (в частности ГТД), которую я отражу в книге покупок в декларации по НДС - налоговая "не удивится", почему я ее включаю?

Вопрос 4: Если все же могу принять вычет по ГТД, то какой комплект документов мне нужно предоставить в налоговую по этой операции для подтверждения возмещения?

Добрый день.
Вопрос 1 . Вы все написали верно. Так и нужно вводить информацию в 1С.
Единственный момент – поступление товаров делать через документ "Поступление (акт, накладная)" - "Товары, услуги, комиссия". И в этом документе в строке Поставщик (над табличной частью поле) – выбирать Агента, а в нижней части документа выбирать реального поставщика товаров.

Вопрос 2. Вы вправе принять к вычету НДС, уплаченный Вашим агентом на таможне в рамках агентского договора, после принятия на учет материальных ценностей.
Основанием будут являться документы об уплате НДС посредником (платежное поручение), таможенная декларация и агентский договор, в котором сказано, что агент от Вашего имени оплачивает НДС. (Основание: письма Минфина России от 2 июля 2015 г. № 03-07-08/38192 и от 7 июля 2016 г. № 03-07-08/39774).

Вопрос 3. По этой сделке Ваш агент должен представить в ИФНС за налоговый период, в котором была поставка (налоговый период для НДС- квартал), Журнал учета полученных и выданных с/ф. В нем он покажет номер ГТД и Вашу компанию – как Принципала.
Получив от Вас декларацию по НДС за этот же налоговый период
(в приложении 8 – т.е. в Книге покупок Вы покажете номер ГТД), ИФНС будет сопоставлять Ваши данные и данные, представленные агентом. Если расхождений не будет, то проблем с вычетом НДС быть не должно.

Вопрос 4. Для подтверждения вычета НДС Вы представляете в ИФНС тот же пакет документов, что и при прямом импорте (без участия агента): контракт с поставщиком, инвойс, международную транспортную накладную, таможенную декларацию, платежное поручение на уплате НДС и т.д. И дополнительно - агентский договор и Отчет агента.

Еще Вы задали вопрос: «почему вы пишите, что приходовать товар по инвойсу? Разве не по ГТД или не по контракту? Агент мне не предоставил от иностранного поставщика инвойс, контракт - это обязательные документы для приема вычета?»

Ответ: Инвойс должен быть обязательно! Это документ – по природе аналогичный нашему документу Товарная накладная ТОРГ-12 и с/ф.
Вы же при российских поставках не приходуете товар на основании договора купли-продажи!
А таможенная декларация – подтверждает факт пересечения границы РФ и уплаты всех таможенных платежей.
Контракт – это обязательный документ по импортным сделкам, который подтверждает факт перехода к Вами права собственности на товар. А НДС Вы можете принять к вычету только по товару, право собственности на который принадлежит Вашей компании.
Удачи Вам в работе!