Одна организация ООО на общей системе налогообложения, вторая организация ИП на УСНО (доходы - 6%). Занимаемся заправкой картриджей и ремонтом оргтехники. Закупаем материалы и товары для деятельности ООО и ИП только на ООО. Оприходую все на ООО для того, чтобы снизить НДС за счет входящего НДС. Расходы по ИП не учитываем, т.к. они нужны нам для ООО.
ИП проводит работы и предоставляет услуги, тратит материалы и товары которые числятся на ООО. Списать материалы и товары я с ООО не могу, т.к. у меня не хватает выручки (прибыли) (в декларации по налогу на прибыль мы платим минимальный налог 1 и 4 рубля), и каждый раз выкраиваю какие материалы мне списать, какие оставить. В программе у меня числиться материалов и товаров на 1 млн.руб., а по факту у меня материалов на 100 тыс.руб. Что мне делать? Проводить инвентаризацию бесполезно, я и так знаю что у меня много нет в наличии, т.к. это ушло на работы и затраты по ИП.
Получается мне надо расходы учитывать по ООО для уменьшения НДС, по ИП расходы не учитываются, бухучет по ИП не ведется, платим налог 6% с поступивших сумм. А материалы и товары числятся по ООО и списать я их не могу.
Прошу Вашей помощи, что мне делать?
Заранее благодарю.

Пример непродуманного дробления бизнеса в целях оптимизации налоговой нагрузки.
Как вы учитываете доходы на УСН (6%), если у вас нет материальных расходов?
Вы что картриджи воздухом заправляете?
Создавайте реализации материалов с ООО на ИП или ищите несчастных, которым в срочном порядке требуется виртуальная покупка ваших материалов с НДС и оформляйте документальную отгрузку (только им еще и живая наличка потребуется).
НДС заплатите в любом случае, налог на прибыль будет зависеть от наценки на ТМЦ.

Здравствуйте. Если предложенные варианты не сможете реализовать, остается списать недостачи ТМЦ на убытки. НДС придется восстановить и заплатить. Убыток от списания не уменьшит налог на прибыль.
В случае с оформлением реализации Вы сможете более менее постепенно увеличивать налоговую нагрузку по НДС.