Сотрудник ушел в ученический отпуск с 13.10.2014 до 2.11.2014 (согласно справке-вызов). С 23.10.2014 до 21.11.2014 был на больничном (о чем свидетельствует больничный лист). На основании справки-вызов были рассчитаны и выплачены сотруднику отпускные. Как рассчитать больничный? Какой период ставить? Как сделать чтобы при расчете больничного появилась запись "Сторнированы начисления прошлых периодов"?

Добрый день! В том случае, если месяц начисления в обоих документах одинаковый, после расчета и проведения больничного нужно просто пересчитать начисление учебного отпуска. Записи о том, что начисления сторнированы в этом случае не будет, просто изменится начисленная сумма отпускных. Запись о сторнировании появится только в том случае, если отпускные были начислены октябрем, а больничный ноябрем, т.е. месяца разные.

а разве можно пересчитывать то, что уже начислено и выплачено сотруднику?

В том случае, если месяц еще не закрыт, зарплата и взносы за него не начислены, то можно. Сумма к выплате сотруднику в любом случае уменьшится, хоть это будет сторно, хоть перерасчет. При следующих выплатах она зачтется.
А вот документы, в которых месяц начисления октябрь, уже трогать нельзя, поэтому делается сторно.