ИП на общ. сист. налогообложения, Бух.2
Учитываем налог на личное имущество: вводим документ операция
Д 84.05 - К 68.14.
эта сумма (и еще есть такие случаи, пени например) попадает в КУДИР таб. 6.2.
А не должна. Как нам сделать чтоб такие суммы не попадали в кудир?

Странная ситуация. Во-первых, в типовой конфигурации я не вижу такие счета в плане счетов. Добавляли? Во-вторых, сам по себе документ "Операция (бухгалтерский и налоговый учет)" (мы же о нем говорим?) по-умолчанию делает движения только по бухгалтерскому регистру, регистры накопления он не трогает, если самостоятельно их не добавить.
Не пробовали найти эти суммы в регистре ИППрочиеРасходы? Если они действительно зарегистрированы операцией, то там должна быть вкладка с данными этого регистра, которую можно очистить.