Добрый день,организация получила грант субъекту малого предпринимательства 02.12.2016 в сумме 450000 руб, потрачео 406000 ,как правильно отразить в программе ,чтобы сумма была в декларации на прибыль как внереализационные доходы, и облагается ли грант налогом ?

Добрый день! Если вы являетесь коммерческой организацией, то ваш грант, это субсидия и она попадает во внереализационные доходы по налогу на прибыль (лист 2 строка 020), но все затраты (то что потрачено) тоже нужно указать в декларации по налогу на прибыль.
1) Доход в программе Бухгалтерия можно отразить сначала документом "Поступление на расчетный счет",с видом операции: прочее поступление (проводка 51-86). Далее показать эту сумму во внереализационных доходах, сделать документ "Операция введенная вручную" (проводка 86 - 91.01).Указать соответствующую аналитику.
2) Также в программе нужно отразить расходы (то что вы потратили), скорее всего, это документы "Поступление товаров и услуг", "Требование-накладная" и прочее. Это зависит от того, как были потрачены целевые средства.