Здравствуйте. Ситуация возможна.
Важно, что организация А должна реализовать это транспортное средство организации Б. С реализации необходимо исчислить и уплатить налоги (НДС и налог на прибыль). Взаимные долги закрываются взаимозачетом.
Если организация Б на УСН доходы минус расходы, то транспортное средство принимается как основное средство и его стоимость принимается в расходы, уменьшающие налог. Но если в будущем захочет продать транспортное средство раньше срока его эксплуатации, расходы нужно будет восстановить и доплатить налог.
Если УСН доходы, никаких особенностей нет.