Здравствуйте! Подскажите пж. ИП не является работодателем,раньше перечисляла себе деньги на карту,потом предложили зарплатный проект,она перечислсла себе з.п (по реестру ,согласно договора ) должна ли она заплатить налоги в фонды и ндфл,
или это не облагается налогами,,

Здравствуйте. Доход предпринимателя в любом случае не является заработной платой, а значит не облагается страховыми взносами и с него не удерживается НДФЛ.
При оформлении реестра не пишите, что это заработная плата (если такое поле есть). Обозначайте эти выплаты прочим доходом.

а если это ооо и ситуация такая же учредитель себе перечисляет зарплатный проект -з.п по реестру

Какой именно доход перечисляет себе учредитель по реестру?
Реестр - это лишь способ перечисления денежных средств. Важно, что это за доход и на основании чего его начисляют.

написано в платежке для зачисления по реестру № цель платежа з.плата

написано в платежке для зачисления по реестру № цель платежа з.плата

Какой это доход на самом деле? Зарплата или дивиденды?

скорей всего перечисляли на свои нужды,

Вам нужно однозначно определиться с целью выплаты.
Если зарплата, то она должна быть начислена. С нее должны быть начислены и перечислены налоги.
Если дивиденды, то они должны быть начислены. С них должен быть начислен НДФЛ и перечислен в бюджет.
Если это под отчет, то эти деньги нельзя перечислять зарплатным реестром. Если все же это сделали будьте готовы ответить на вопросы налогового органа. За подотчетные деньги руководитель/учредитель должен отчитаться.

Спасибо большое , все так и объясню учредителю данной фирмы