Подскажите, почему при свертке базы программа не формирует остатки по счетам 01.01 и 02.01? По субсчету 03 формирует, а 01 нет.

Добрый день! Не могу сказать, не видя базу. Вероятно, есть какие-то ошибки в ведении учета по данному счету.
Хотя, могут быть и технические проблемы в каком-то из релизов программы. Но для того, чтобы это проверить, нужно знать точный номер версии, которая у Вас установлена(информация есть в справке о программе).