Здравствуйте, Ольга!

В прошедшем квартале:
Мы выставили покупателю 2 счета на оплату АВАНСА: на 250 тыс.руб. и на 3 500 тыс.руб.

Получили аванс 250 тыс.руб.; прошла также реализация на 1 134 тыс.руб.
Т. е. счет на 3500 аванса они не оплачивали.

В октябре покупатель перечислил деньги как оплату за выполненные работы - 1 000 тыс.руб.

Получилось, что за выполненные работы покупатель переплатил 116 тыс. руб.
(1134 [реализ.]-250 [аванс]-1000 [за работы])

Работы по договору еще будут (соответственно и реализация).

Должна ли я выставить счет-фактуру на аванс на 116 тыс.руб? Ведь в платежке назначение только "за выполненные работы"..
Т. е. как правильно рассматривать переплату за выполненные работы в моей ситуации?

Здравствуйте, Екатерина!

Да, в этом случае Вы должны выписать счет-фактуру на аванс