Здравствуйте! Вы, наверно, в комплексной автоматизации или УПП работаете? Если Вы имеете в виду обработку под названием "Выписка банка", то честно скажу, что не видела людей, которые бы ей пользовались.

В справке написано, что она "предназначена для установки признака оплаты группе неоплаченных банковских документов, а также для просмотра списка документов, оплаченных за какой – либо день". Поэтому выполняется она только в том случае, когда нужно группе документов галочку "оплачено" установить. Ну или просто для просмотра остатков и оборотов за день.
Привязка расчетных документов зависит от настроек договоров с контрагентами. Если в договоре стоит галочка, что взаиморасчеты ведутся по документам, то их нужно будет выбирать и привязывать вручную. Если этой галочки нет, программа будет сама автоматически состыковывать оплаты и поступления/реализации. В общем, возможность ручного выбора документов интересна тем организациям, которым нужно отслеживать оплаты по документам. Во всех остальных случаях она скорее не удобна.