Здравствуйте! Я начинающий главный бухгалтер, объясните для чего внутри компании открывают еще несколько компаний, мы на ОСНО, просто наши заказчики постоянно платят с разных фирм, для чего это нужно объясните пожалуйста?

Здравствуйте.
Наверное, Вы имеете в виду один собственник имеет группу компаний, состоящих из разных субъектов. Ими могут быть как юридические лица, так и индивидуальные предприниматели.
Подобные конфигурации используют для оптимизации налогообложения. Они зависят от вида деятельности. Целей может быть много.
Напишите, какой вид деятельности Вашей группы компаний. Тогда можно предположить, каким образом собственник планирует денежные потоки и тем самым оптимизирует налоги.

Компания занимается грузоперевозками и наши заказчики открывают на своих сотрудников фирмы тоже вид деятельности грузоперевозки

Предполагаю, что несколько субъектов нужны для возможности применять ЕНВД, так как существует ограничение по количеству транспортных средств. Это очень удобный налог.
На сотрудников, скорее всего, открывают не фирмы, а регистрируют ИП. Это дает возможность обойти уплату НДФЛ и страховых взносов и иметь источник получения наличных денежных средств.