Добрый день , компания ООО на УСН 15%. Фирма занимается оптовой торговлей пива, подключена к ЕГАИС. Работаем в бухгалтерии 3.0 При проверке базы были обнаружены отрицательные остатки по складам ,которые тянуться из прошлых закрытых периодов. Как правильно скорректировать в 1с и наладить учет по складам чтобы не трогать и не менять прошлые года. Для того чтобы в этом году правильно формировалась себестоимость и списывались расходы при определении прибыли правильно. Так же есть вопрос в следующем : были приходные накладные с НДС . Бухгалтер вводил суммы с НДС без выделения НДС отдельной строкой стоит ли делать корректировки поступления в этом году за прошлые года или какой есть самый оптимальный вариант исправления ошибки.

Добрый день!
Про контроль отрицательных остатков можно почитать в статье:
учетбеззабот.рф/mobile-buch/main/bukhgal...erii-predpriiatiia-8
Обычно, в случае обнаружения отрицательных остатков, нужно сформировать ОСВ по 41-му с максимальной детализацией (номенклатура, склады, партии), далее вычислить отрицательные остатки и закрыть через документ "Операция, введенная вручную" именно в разрезе всей аналитики (например, зачесть отрицательный остаток по одной партии с положительным остатком по другой парии одной номенклатуры, если зачесть не с чем списать на 91й счет) данная операция не повлияет на КУДИР (только на бухгалтерский учет) но закроет остатки в разрезе партий, надо постараться чтобы на 41 остались только "рабочие партии товаров" с корректными суммами и количеством, чтобы именно их программа брала при проведении реализации в КУДиР УСН.

Спасибо,а что делать с поступлением товаром и услуг которые вводились в программу без выделения НДС отдельной строкой?

А если рассуждать по правилам налогового учета мне нужно исправить себестоимость по всем годам и пересдать декларацию по УСН?

Входной НДС подлежит отражению в составе расходов отдельно от ТМЦ, работ, услуг в силу п.8 ст.346.16 НК РФ. В КУДиР входной НДС учитывается вместе с расходами, к которым относится. Входной НДС должен в книге учета доходов и расходов отражаться отдельной строкой – это обязанность упрощенца, если вы его не выделяете, то это ошибка, но при этом в расходы он у вас попал.
Корректным вариантом, будет восстановить последовательность, выделить НДС, проверить, что суммы упали в себестоимость и сдать корректировки по УСН. По факту, многие бухгалтера при приемке новой базы (от другого бухгалтера, аутсорсера и т.п.), смотрят по ситуации - какой оборот компании, каков процент ошибок, возможна ли налоговая проверка в данной организации (или уже идет), и по результатам, принимают решения, исправлять ли ошибки и в каком объеме.