Здравствуйте, организация недавно открылась на УСН (дох-расх), назовем ее А
Аренду офиса платит со своего расчетного счета другая орг, которая является одним из учредителей (орг Б).
А счет-фактуры поставщик выставляет соответственно на организацию А. Получается в программе БП 3.0 мы должны поставщику, но по факту это же не так, как мне организовать учет по данному вопросу?

Здравствуйте!
Все мы, конечно, знаем, что лучше не взаимоувязывать зависимые организации, т.к. такие схемы легко вскрываются при выездных налоговых проверках.
В вашей ситуации для компании А можно перенести долг с организации, которая предоставляет аренду на компанию Б. (документ Корректировка долга - перенос задолженности). Далее уже либо платить компании Б, ли оказать услуг компании Б (на нужную сумму) и закрыть взаиморасчеты.