Добрый день!
Помогите разобраться, пожалуйста.
Есть Заказчик с НДС, принципал - ИП на усн+псн, агент - ООО на ОСН.
Агент-ООО от своего имени и за счет принципала-ИП подбирает для ИП заявки на перевозку грузов.
ООО выставляет счет-фактуру Заказчику от своего имени, получает на свой счет всю сумму перевозки с НДС, оставляет себе свое агентское возн-е и перечисляет остальное принципалу-ИП без НДС.
Я правильно понимаю, что ООО должен оплатить в бюджет НДС со всей суммы перевозки, которую получил от Заказчика?

Здравствуйте!
В этом случае получается двойное налогообложения, ООО (агент) выставляет СФ на реализацию ООО (заказчику), работы по которой фактически выполнит ИП, также агент выставляет СФ принципалу (ИП) на сумму агентского вознаграждения с НДС (это СФ должна попасть в книгу продаж).

Когда посредник реализует товар (услугу) заказчика от своего имени, он не делает запись в книге продаж, так как товар (услуга) принадлежит принципалу, и у посредника не возникает обязанности по начислению НДС (п.20 Правил ведения книги продаж). Получив перевыставленный счет-фактуру от принципала, посредник не делает запись в книге покупок (пп. «в» п.19 Правил ведения книги покупок). В программе (если говорить о позиции агента) это выглядит следующим образом:

1) Реализация (акт, накладная) услуг на перевозки, заполняем раздел "Агентские услуги", проводка ДТ 62 (заказчик ООО) - КТ 76 (ИП), выставляется СФ ООО
2) Отчет комитенту ДТ 76 (ИП) - КТ 62 (ИП) удержано комиссионное, 62 - 90.01 - выручка агента, 90.03 - 68.02 НДС на комиссионное вознаграждение
3) Списание с расчетного счета доходов принципала ДТ 76 - КТ 51.