Добрый день!
программа: Бухгалтерия предприятия, редакция 3.0 (3.0.43.136)

У нас УСН 15%. Товарный учет ведем в отдельной складской программе, в 1С заносим приходную накладную как "товар 1шт сумма ...." До 31.12.15 работали на УСН 6% и соответственно вопросов не возникало, т.к. списывали 41 счет операцией вручную.
Как быть теперь? В настройках учетной политики галочка "реализация товаров" установлена по умолчанию и снять ее невозможно.

Здравствуйте! На УСН 15% таким образом работать не получится. Вам нужна инвентаризация остатков товаров на 01.01.16. А также инвентаризация фин обязательств, чтобы понять, какие из товаров оплачены на момент перехода на УСН 15%. Только в этом случае можно разграничить и денежные потоки для определения доходов и расходов.
Соответственно, эти остатки необходимо внести в программу после того, как они будут определены.