Добрый день!
Всегда очень сложно отвечать на большое количество вопросов, лучше формулировать небольшие вопросы по существу темы, так проще отвечать пользователям форума и не потерять общую нить беседы.
1) Расчет при увольнении. Т.к. у вас в настройках стоит галочка исчисленный НДФЛ = удержанный, то в каждом документе начисления есть поле "Дата выплаты" - это дата должна попадать в раздел 2 декларации 6НДФЛ строка 120. Посмотрите документ, которым вы рассчитываете человека при увольнении, это должно быть "Начисление заработной платы", если дата выплаты отлична от 31.05 исправьте ее на нужную, для зарплаты дата перечисления налога или в тот же день, или на следующий.
2) Вычеты по НДФЛ. Если вычеты не предоставлялись с начала года, то после ввода заявления, программа пересчитает НДФЛ за предыдущие месяцы, обычно ЗУП 2.5 в этом случае срабатывает корректно и верно заполняет декларацию 6НДФЛ.
По заполнению декларации 6НДФЛ у нас есть отличный вебинар: Запись вебинара "6-НДФЛ:с азов на практических примерах в 1С", заказать который можно по ссылке
1c-bezzabot.ru/