Добрый день!
Если не заполняется 2й раздел отчета 6НДФЛ, скорее всего программа не видит выплату заработной плату, т.е. моменты когда нужно удержать НДФЛ. Проверьте:
1) Введены ли у вас ведомости на выплату, документы "Ведомости в банк/кассу", вид выплаты "Зарплата".
2) Введены ли документы "Выдача наличных"/"Списание с расчетного счета" (в зависимости от того, как выплачиваете з/п через кассу или банк), в данных документах должна быть выбрана ведомость из п. 1, а также вид операции: "Выплата заработной платы работнику", если сотрудник один, или "Выплата заработной платы по ведомостям", если сотрудников несколько.