Добрый день!
Работаете в программе 1С: Бухгалтерия ред. 3.0? Если да, то схема работы учета НДС может быть следующей:
1) При получении оплаты от покупателя (генподрядчика) выставляете авансовую счет-фактуру на авансы выданные, это можно сделать из документа "Поступление на р/с" по кнопке "Создать на основании" или при помощи обработки "Регистрация счетов-фактур на аванс" в регламентной операции закрытия месяца подсистема "Расчет НДС", при проведении получите проводку ДТ 76.АВ - КТ 68.02
2) При оплате своим субподрядчикам просите у них счёт-фактуру на аванс, в программе заносите документом "Счет-фактура полученный", вид счета фактуры "На аванс" (также этот документ можно создать на основании банковского документа "Списание с р/с"), проводка ДТ 68.02 - КТ 76.ВА. Также отражаете текущие операции поступления товаров и услуг (аренда, расходные материалы) документам "Поступление (акт, накладные)" в ДТ 19го счета.
3) При сдаче работ своему генподрядчику делаете документ "Реализация (акт, накладная)", который сделает проводку в ДТ счета 90.03, а также восстанавливаете авансы, которые вы учитывали в п. 1 в документе "Формирование записей книги покупок" в закладке "Полученные авансы", ДТ 68.02- КТ 76.АВ.
4) Если вводили счета фактуры полученные на аванс от своих субподрядчиков, то после проведения документа "Поступление (акт, накладные)" заполняете и проводите документ "Формирование записей книги продаж", закладка "Восстановление по авансам", проводка ДТ 76.ВА - КТ 68.02
По логике работы программы, документы "Формирование записей книги покупок и продаж" вводим раз в квартал, когда закрываем периоды в процедуры закрытия месяца, регламентная операция "Расчёт НДС", все закладки заполняются автоматически по кнопке "Заполнить документ". Вам стоит только контролировать верный зачет авансов на счетах 76.ВА и 76.АВ, НДС входящий на счете 19 и исходящий на 90.03, а также верность отражения операций по сч. 68.02