Списание НДС нужно было отразить в разделе «Операции» - колонка «Закрытие периода» - «Регламентные операции по НДС», далее нажать на кнопку «Создать» и выбрать пункт «Списание НДС». Вкладку «Приобретенные ценности» можно заполнить из документов «Поступление (акт, накладная)», для этого нажать на «Заполнить» - «Заполнить по поступлению», далее выбрать документ, по которому образовался входной НДС, не принятый к вычету. Во вкладке «Счет списания» - «Счет списания НДС»: 91.02, субконто выбираем из справочника «Прочие доходы и расходы» - «Списание выделенного НДС на прочие расходы», данный элемент предопределен программой и в нем отсутствует флажок «Принимается к налоговому учету». После проведения получим проводки ДТ 91.02 – КТ 19.03.
На данный момент у вас идет разница 19го счета (который красиво закрыт документом "Операция введенная вручную") и регистрами НДС (НДС предъявленный, НДС Покупки), которые не закрыты.