Добрый день!
Вопрос очень интересный, на практике пока клиенты не выбирали эту возможность, работают по старинке=)
Предложенные варианты, я бы изначально попробовала протестировать на копии базы (после сделанных настроек сделать несколько начислений - выплат, посмотреть как заполнится 6-НДФЛ):
1) Изменить регистрацию с 01.01.21 для обособленных подразделений, на головную. Для этого в справочнике "Подразделения" нажать "Регистрация в налоговом органе" - "Выбрать из числа известных регистраций" и выбрать регистрацию головы (или другой обособки), сведения регистрируются с января 2021
2) Вариант использования территорий ( о нём подробно можно почитать на ИТС:
its.1c.ru/db/buhmag/content/18287/hdoc, если коротко в справочнике "Организации" - "Учетная политика" установить флаг во вкладке "Расчет зарплаты" установить флаг "Использовать обособленные территории". Далее в новом справочнике "Территории" создать новый элемент, при описании которого использовать нужную регистрацию.
Далее создать кадровый документ (из журнала все кадровые документы) "Перемещения между территориями", в котором в табличной части перечислить всех сотрудников, которые будут попадать на нужную регистрацию, дату указать с 01.01.21