Добрый день!
1) Начисление налога на прибыль. Вопрос очень интересный, если программа некорректно начисляет налог, то где-то неверно показываете доходы или расходы. Для начала просмотрите отчеты в разделе "Регламентированный учет" - "Регистры налогового учета", такие как "Доходы от реализации", "Прямые/косвенные затраты и т.п.", кроме того сформируйте общую ОСВ с включенными флажками БУ и НУ и проверьте все ли суммы доходов и затрат отражены в разделе НУ на 90х и 91х счетах. Также важным моментом является корректное указание системы налогообложения в первичных документах, например в документе "Реализация товаров и услуг", раздел "Дополнительно" графа "Налогообложение". Конечно, программа Комплексная автоматизация ред. 2, очень капризная, в плане ручных проводок, лучше добиваться автоматического формирования корректных сумм в процедуре "Закрытие месяца". Ручные проводки делаете через документ "Операции (регл.учет)"?
2) Если хотите изменить параметры амортизации ОС, можно воспользоваться документом "Изменение параметров ОС" (в разделе Внеоборотные активы - Документы по ОС), в котором на закладке "Отражение расходов" можно выбрать другую статью или в разделе "Параметры учета" "вернуть" начисление амортизации.