Добрый день!
Банк загружаете из файлов банковских программ, или из 1С:Бухгалтерии?
Нужную статью ДДС можно указать в договоре с поставщиком/клиентом (справочники - Контрагенты - Договоры, открыть элемент раздел "Учетная информация", поле "Статья ДДС"), в дальнейшем автоматически будет цепляться в документы. Или же определённую статью можно определить для вида документа, для этого в справочнике "Статьи движения денежных средств" (раздел "Казначейство") для нужной статьи указать хозяйственную операцию. (например, статья "Расчеты с поставщиками" привязать к виду "Оплата поставщику" и т.д.)
Для операций с овердрафтом, обычно, создают еще один банковский счет.