Добрый день! Работаете в 1С:Бухгалтерия ред. 3.0? Если да, то схема может быть следующей (со стороны переработчика):
1) Поступление материалов в переработку от покупателя (Производство - Поступление в переработку) ДТ 003.01
2) Передача материалов в производство (Производство - Требование накладная) ДТ 003.02 - КТ 003.01
3) Реализация услуг по переработке (вкладка Производство) ДТ 62.01 - КТ 91.01.1, ДТ 90.02.1 - КТ 20.02
4) Возврат материалов от давальца (Производство - Возврат материалов заказчику) КТ 003.01
При такой схеме нет возможности зачесть долг покупателя по 62 счету за счет вернувшихся материалов, т.к. они проходят только по забалансовым счетам. Корректно было бы реализация данных остатков давальцем - организации переработчику, в этом случае:
5) Ввести "Поступление (акт, накладная)" от покупателя на сумму вашей реализации из п.3 материалов (отходов), проводка ДТ 10 - КТ 60.01
6) Корректировкой долга выполнить взаимозачет между п. 3 и п. 5, ДТ 60.01 - КТ 62.01. Про корректировку долга писали в статье:
учетбеззабот.рф/mobile-buch/main/bukhgal...erii-predpriiatiia-8 
