Добрый день.
Для корректности учета возврат основной суммы необходимо провести через банк или кассу с видом операции "Возврат покупателю".
Теперь по НДФЛ. Так как покупатель не является вашим сотрудником и выплата неустойки осуществляется единожды, то можете сделать операции учета НДфЛ аналогично нашей статье:
учетбеззабот.рф/mobile-buch/main/bukhgal...het-v-programmakh-1s
Будьте внимательны с кодом дохода по НДФЛ. Вам подойдет либо код 2301 "Суммы штрафов и неустойки, выплачиваемые на основании решения суда за несоблюдение удовлетворения требований потребителей", либо код 4800 "Иные доходы".
