Добрый день.
Конечно, на будущее лучше бы разделять личное от рабочего. Вам же удобнее: один чек проводить как расходы на нужды предприятия, другой - как непринимаемые к НУ.
Норм законодательства, запрещающего поступать как ваш руководитель, нет. Но и для вас эта ситуация не очень выгодна, т.к. это лишний повод прицепиться инспектору к вашему учету. Вполне возможны дополнительные запросы, например, те же путевые листы, материальные отчеты и т.д.
Безусловно, необходимо приложить к каждому такому авансовому отчету записку руководителя с объяснением о несовпадении суммы в кассовом чеке и авансовом отчете.