ТЕМА: Требование исчислить НДС с банковской выписки!

Доброго времени суток, уважаемые бухгалтера! Я не бухгалтер, но по воли случая приходиться сдавать НДС. Такая ситуация возникла.
ИП находится на ОСНО, работает с НДС. Готовится к ликвидации. Во втором квартале не было ни приобретенного товара, ни реализованного. Книга доходов и расходов по нулям. Сдала нулевую НДС за 2 квартал. Но было поступление денежных средств на расчетный счет, оплата от покупателя, по ранее выписанным счетам фактурам, погашение долга.
И вот позвонили с налоговой и говорят почему вы сдали нулевую НДС. Если был приход по банку. Но с этого разве считается НДС в таком случае? Со всех реализаций мы оплатили НДС в прошлом квартале.
Разъясните пожалуйста.. Спасибо!