По поводу настройки упрощенного учета у меня есть подробное видео о выплате зарплаты, этот вопрос там также освещен.
учетбеззабот.рф/training-video/obuchaius...-zarplaty-v-1s-video
Для Комплексной автоматизации не вижу разницы, какой из вариантов использовать, т.к. документы на перечисление денежных средств (РКО, платежки), Вы всё равно вводите в программу.
При работе в ЗУП удобнее упрощенный учет, но он не позволяет выгружать реестры в банк
Учетную политику можно не создавать, если изменений по ней не было.