Да, возможно, дело в договорах. Вот для меня не совсем понятно, почему методисты ИТС рекомендуют использовать договор с видом Прочие для 76 счета. Может, методологически так вернее, конечно, когда речь о 76 счете, но практически я не вижу разницы между договором с видом "С поставщиком" и соответствующим видом операции в документе на поступление денег. По логике, дополнительные договоры как раз и добавляют лишние операции во взаимозачетах. Можно попробовать оставить один договор для 60 и 76 счета.
