Здравствуйте.
Сверку можно провести за последние три года. Начните сверку данных налогового органа с декларациями, которые Вы представляли. Если на этом этапе всё сходится, то переходите к следующему.
Сверяйте данные бухгалтерского учета с данными налогового органа. Тут есть временное несоответствие. У Вас в учете налоги начислены последним днём квартала (месяца), а в налоговом органе по сроку декларирования того или иного налога. Например:
НДС - 20 числа каждого месяца после окончания отчетного квартала по 1/3 общей суммы налога (за 3 квартал - 20.10, 20.11, 20.12)
налог на прибыль - если нет авансовых платежей, то 28 числа месяца, следующего после окончания отчетного квартала; а если есть авансовые платежи, то дополнительно 28 числа каждого месяца в квартале
НДФЛ - датой срока уплаты налога (зависит от выплаты дохода).
Если возникнет расхождение по сальдо на начало года (три года назад), то разницу придется просто списать в учете.