Здравствуйте!
Работаете в программе 1С:Бухгалтерия ред. 3.0? В этом случае, последовательность ввода документов в программу следующая:
1) приход товара оформляете при помощи документа "Поступление (акт, накладная)", в документе есть возможность указать цену поступления, розничную цену продажи, для расчета торговой наценки на счете 42.02
2) приход денежных средств отражаете либо документом "Поступление наличных", вид операции "Розничная выручка", если это эквайринг то документами "Операции по платежным картам" и "Поступление на расчетный счет", вид операции "Поступление по платежным картам". В документах по поступлению денежных средств есть графа "Сумма расходов (себестоимость)", в которой вы указываете себестоимость по проданным товарам, рассчитанную вами вручную (для корректного заполнения КУДИР по УСН). На данный момент существует несколько методик расчета торговой наценки, например можно посмотреть в статье:
www.dp.ru/a/2010/02/10/Varianti_rascheta_torgovoj
В зависимости от принятой в вашей организации методики расчета и считаете себестоимость проданного товара.