Здравствуйте!
1) В программах 1С в настоящее время проставляется признак 1. Разработчики отвечают, что это запланированное поведение программы для граждан РФ.
Но вопрос пока спорный, разъяснений от ФНС я не встречала на текущий момент. С одной стороны, согласно закону 255-ФЗ договорник не является застрахованным лицом по ОСС. А с другой, в отчете написано "Признак застрахованного лица в системе", получается, что в системе в целом, а не в конкретном расчете.
Искать логику тут, конечно, бессмысленно, придется ждать разъяснений, а пока, как обычно, все на свой страх и риск
2) 3 раздел должен заполняться на сотрудниц в декретном отпуске. Если не заполняется - обновите программу до последнего релиза, была такая ошибка