Здравствуйте. Вы очень опрометчиво поступили в подобной ситуации.
По закону Вы можете продолжать выплачивать пособие до 1,5 лет сотруднице, которая открыла ИП. Но проблема в том, что этот же человек оказывает Вам услуги как ИП. Это схема ухода от зарплатных налогов, которая в свою очередь ставит под угрозу законность выплаты пособия до 1,5 лет.
Налоговый орган может в судебном порядке переквалифицировать договор с ИП в трудовой договор. Отсюда вытекает, что сотрудница выполняла свои трудовые обязанность. Значит Вы должны были прекратить выплату пособия до 1,5, начислять и уплачивать страховые взносы и НДФЛ.
Предполагаю, что в результате этой ситуации либо налоговый орган, либо ФСС может инициировать проверку у Вас.
ФНС может вызвать лицо для дачи пояснений не по телефону, а уведомлением или повесткой.