Добрый день!
По правилам: В данном случае 20 декабря нужно оплатить налог, сдать в ифнс декларацию по косвенным налогам и Заявление о ввозе товаров за ноябрь. К Заявлению приложить копии подтверждающих документов. Нужно также было сдать в ФТС стат форму за ноябрь о ввозе товаров.
За нарушение сроков оплаты ндс и сдачи декларации и заявления будут штрафы.
Теперь вариант из практики: было несколько поставок - импорт ближнее зарубежье, денежных средств на уплату ндс не хватало. На одну поставку сделали декларацию по ндс - на сумму этой поставки, заявление о ввозе товаров на эту поставку и оплатили сумму ндс только по этой поставке. Через неделю доплатили оставшуюся сумму Ндс, а затем сдали уточненную декларацию по ндс и заново сдали Заявление о ввозе товаров уже на всю сумму поставок за ноябрь. Пени были начислены. Штрафа не было.
Если в вашем случае одна поставка по одному документу, то вариантов особо нет. Сдать декларацию вовремя и платить штраф за неуплату налога. Можно, конечно, "прикинуться дурачками", если документ на поступление один, показать в отчетах частичную сумму, ее и заплатить, а потом уточняться по причине, якобы, сбоя в программе. Но тут решение принимать вам.