Добрый день! Вы правильно пишите, основными вариантами переноса одной организации из одной базы в другую (конфигурации одинаковы), является:
1) Удаление лишней организации из базы, не советовала бы этот вариант,т.к. организация удалится только тогда, когда будут удалены все ссылки на нее, все документы, справочники, регистры сведений. Этот процесс очень трудоемкий, т.к. в КА часто создаются программно обширные элементы справочников (ключи аналитики учета затрат, ключи аналитики учета партий и пр.), который в итоге ссылаются на справочник "Организации".
2) Воспользоваться обработкой "Выгрузка и загрузка данных XML" (для конфигурации КА 1.1. лучше воспользоваться версией 8.2), которую можно найти на ИТС. В начале у нас должна быть база КА 1.1 со всеми организациями (из которой хотим переносить), а также пустая база КА 1.1 (куда хотим переносить), такого же релиза, что и первая. После заходите в первоначальную базу, открываете обработку, встаете на закладку "Выгрузка". Заполняете имя файла куда будете выгружать, ставите период (если его не ставить, выгрузятся все выделенные объекты) и выделяете объекты нужные для переноса, не забыв указать в отборе, по какой организации переносите (пример на рис. 1).
После нажимаете кнопку "Выгрузить данные". После выгрузки следует зайти во вторую базу КА 1.1 (пустую) и опять открыть обработку "Выгрузка и загрузка данных", на закладке загрузка выбрать файл выгрузки и нажать "Загрузить данные" (рис. 2.)
Метод загрузки через обработку также не прост для обычного бухгалтера, т.к. полными знаниями по объектам конфигурации обладает больше программист, но если документов не много и учет не сложный, то можно попробовать сделать это самому.