Здравствуйте.
Если учредитель является руководителем организации, то с ним как с сотрудником должен быть заключен трудовой договор. В нем отражаются условия оплаты труда руководителя. Например, можно прописать, что заработная плата руководителю не начисляется до момента получения организацией балансовой прибыли.
Налоговому органу дайте пояснение о том, что на этапе развития организации низкие доходы организации не позволяют иметь сотрудников, так как нет источника выплаты заработной платы и страховых взносов. Руководителю не начисляли заработную плату в связи с отсутствием балансовой прибыли на основании трудового договора.
Уточните у налогового инспектора, нужно ли прикладывать копии документов, подтверждающих Ваше пояснение. Если приложение документов не обязательно, не нужно давать налоговому органу лишнюю информацию.
