Здравствуйте!
Для ответа на этот вопрос нужны точные формулировки из текста договора аренды. Как правило прописывают, что капитальный ремонт за счет арендатора, а текущий - за счет арендодателя.
В случае кап ремонта: получаем согласие арендодателя на проведение кап ремонта (в т.ч. замену окон и дверей в процессе кап ремонта) и компенсацию затрат на кап ремонт. Должна быть смета затрат, согласованная с арендодателем по объему работ и сумме затрат. По окончании работ согласовываем с арендодателем акт выполненных работ. Все затраты собираем на счете 76 (в т.ч. стоимость окон, дверей и тд), предъявляем арендодателю и ждем возмещения затрат.
2. Если в процессе кап ремонта появляются неотделимые улучшения (то это уже реконструкция!), их арендатор так же согласует с арендодателем. Собирает затраты на счете 08. Оформляет акт ввода в эксплуатацию, предает арендодателю, предъявляет сумму к возмещению.
Для корректного решения нужно определиться, что фактически происходит: реставрация (ремонт) или реконструкция (изменение технических характеристик), в процессе которой появляются неотделимые улучшения