Здравствуйте. Проблема Ваша понятна.
Для решения этого "клубка" проблем начните с получения из налогового органа выписки операций по расчету с бюджетом. Этот документ позволяет провести сверку по налоговым платежам.
1. Начните с сальдо на 01.01.2017 по страховым взносам до 01.01.2017. Правильные ли данные в базе налогового органа? Сверьте данные из 4-ФСС и РСВ-1 за 2016 год с данными налогового органа. Если обнаружите расхождение, Вам необходимо получить справки о сальдо из ПФР и ФСС и представить их в налоговый орган.
2. Сверьте суммы начисленных страховых взносов в 2017 году с данными бухгалтерского учета. Если обнаружите расхождения, проверяйте сданные расчеты по страховым взносам.
3. Проверьте, правильно ли учтены платежи страховых взносов в налоговом органе. Если Вы допустили ошибки в КБК, нужно написать письмо в налоговый орган об уточнении КБК и просьбе перенести платежи на нужный КБК.
После проведения всех необходимых мероприятий у Вас получится правильная картина состояния расчетов с бюджетом. Это Вы можете проконтролировать, получив новую выписку операций по расчету с бюджетом через месяц после представления писем в налоговый орган.
С платежами по требованию могла получиться такая ситуация. Если Вы сделали платежи в срок, который указан в требовании или позже, то налоговый орган ещё не увидел эти платежи в своей базе. Возможно допущены ошибки в оформлении платежных поручений на уплату по требованию. Поэтому сняли деньги по инкассовому поручению. По этим налогам нужно провести такую же сверку, как со страховыми взносами.
После окончания сверки оцените состояние расчетов с бюджетом. Если выявлены переплаты по налогам и страховым взносам, учтите их при уплате за последюущие периоды. Если переплаты по пени или штрафам, напишите письмо о переносе их в счет уплаты налога. В бухгалтерском учете отразите только после получения положительного ответа от налогового органа либо после того, как увидите перенос в выписке операций по расчету с бюджетом.
Все платежи, которые прошли по инкассовым поручениям Вы должны провести в базе данных бухгалтерского учета по соответствующему виду налога (налог, пеня, штраф): 68, 69 / 51. Эти проводки у Вас получатся на основании списания с расчетного счета.
А вот начисление санкций (пени, штрафы) нужно сделать через операции, введенные вручную (91.02 / 68, 69). Суммы для начисления пени, штрафов берите из требования налогового органа.