Здравствуйте.
Пунктом 1 статьи 258 Кодекса установлено, что капитальные вложения в арендованные объекты основных средств, указанные в пункте 1 статьи 256 Кодекса, амортизируются в следующем порядке: капитальные вложения, стоимость которых возмещается арендатору арендодателем, амортизируются арендодателем в порядке, установленном главой 25 Кодекса. Таким образом, замененные окна для арендатора не являются основными средствами.
В случае если арендатор осуществляет неотделимые улучшения арендованного имущества с согласия арендодателя, и арендодатель возмещает арендатору понесенные им расходы, то указанные затраты могут быть учтены арендатором для целей налогообложения прибыли как расходы, связанные с выполнением работ для арендодателя, в соответствии с главой 25 Кодекса при условии их соответствия требованиям пункта 1 статьи 252 Кодекса.
Д 20 (25, 26, 44) / К 60 - стоимость замены окон
Д 19 / К 60 - входной НДС
Д 68 / К 19 - вычет НДС
Д 76 / К 91.01 - возмещение расходов арендодателем
Д 91.02 / К 68 - начислен НДС с возмещения расходов
На зачет взаимных требований по выплате арендной платы и возмещения расходов на ремонт нужно сделать соглашение о зачете.
После подписания акта выполненных работ подрядчиком можно выставить документы для арендодателя. В наименовании достаточно указать возмещение расходов на ... Это лучше согласовать с арендодателем.
Арендатор принимает вычет по НДС в общем порядке: работы приняты, счет-фактура получен.
Арендатор начисляет НДС с возмещения расходов арендодателем в момент выставления документов.