Добрый день!
1. Очень сложный вопрос Вы задали. Одним отчетом проверить корректность начисления НДС невозможно. Я обычно пользуюсь несколькими отчетами, в т.ч. теми, которые дописывала сама, а также сверяю эти отчеты по ОСВ, в которой должны сходиться определенные счета. Тут в двух словах не ответишь и даже в статье не опишешь, т.к. вопрос очень объемный. Когда-то я проводила 4-часовой семинар на эту тему с разбором различных ситуаций. Возможно, позже попытаюсь в каком-то виде изложить свою методику проверки, но пока не уверена, что получится.
2. Можете делать так, как Вам удобно. Обычно, когда операций много, я рекомендую делать ежемесячно и ежемесячно проверять суммы. Если не очень много, то можно делать раз в квартал. Для программы разницы нет, только Ваше удобство.