Что делать я Вам пока не могу сказать, т.к. по данной ситуации (минусы при перерасчетах и пр.) до сих пор нет официальных разъяснений от ФНС. Разработчики 1С их тоже пока не могут получить, поэтому оставляют пользователям право редактировать данные вручную, если они видят такую необходимость. Программы проверки ФНС пока пропускают все отчеты (я пока ни разу не столкнулась с ситуацией, когда 6-НДФЛ не был принят с первого раза у моих клиентов, отчеты не возвращались вообще, а значит, не особенно и проверялись). Как нам это аукнется позже, пока сложно сказать (думаю, основные проблемы начнутся когда ФНС будут сравнивать 6-НДФЛ и 2-НДФЛ за 2016 год).
Пока мы минусы убирали вручную, изменяя данные в других ячейках исправляемого месяца, в том случае, если эти минусы обоснованны. Если же минусы появились "непонятно откуда", то нужно разбираться с ними. Обычно приходится перед формированием 6-НДФЛ (особенно в ЗУП 2.5), отменять документы, перепроводить в верной последовательности (сначала начисления, потом выплаты и так по датам), контролировать расчет налога помесячно. С клиентами мы достаточно много времени тратили на то, чтобы собрать эти отчеты корректно, т.к. алгоритм автоматического расчета и заполнения пока работает только при соблюдении определенного порядка ввода и расчета документов.
