Если Вы получили аванс от покупателя в счет будущих поставок, то да, обязательно оформляем счет-фактуру на аванс.
Незавершенное производство формируется по мере списания материалов в производство, отнесения на затратный счет заработной платы рабочих и пр. То есть затраты будут собираться до тех пор, пока не будет отражен выпуск продукции. Затраты могут копиться долгое время, но не зная всей ситуации, сложно дать совет. Не совсем понимаю, как связана оплата от покупателя (за что? продукцию, которую вы должны выпустить?) и незавершенное производство в данном контексте